Como depredadores naturales encontramos al caimán negro, el tiburón toro, el jaguar y la anaconda.
Por otro lado, el hombre ha sido el responsable de la disminución de ejemplares del delfín rosado. Esto se da por diversos factores, en los que se encuentra la destrucción masiva de la selva amazónica por deforestación y contaminación, la captura accidental y la cruel matanza por parte de pescadores ya que esta especie de delfín puede romper las redes de pesca haciendo que se pierda todo el trabajo hecho por los trabajadores.
Actualmente existen diversos acuarios donde se mantienen en cautiverio a estos delfines, que, si bien no fue fácil incorporarlos y hacer que sobrevivan por mucho tiempo, las nuevas generaciones están muy bien adaptadas y logran vivir muchos años.
Debido a la vulnerabilidad de la especie se han tomado medidas para su protección en todos los países que habita. Sus mayores enemigos son la deforestación y aquellas actividades humanas que contribuyen a perturbar su medio de vida. Algunas muertes de delfines rosados ocurren por envenenamiento con mercurio del ambiente, debido que en las minas de oro, el mercurio se utiliza para separar el oro de roca circundante.
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